Το Authentication Assurance βασίζεται στην εξέταση των κρυπτογραφικών ενοτήτων ενός ελέγχου ταυτότητας. Το Επίπεδο 1 εξετάζει τους αλγόριθμους που χρησιμοποιούνται στο κρυπτογραφικό στοιχείο του λογισμικού. Τα επίπεδα 2-4 βασίζονται στο στοιχείο λογισμικού προσθέτοντας διαφορετικά επίπεδα φυσικής ασφάλειας. Η σειρά YubiKey FIPS πληροί τις απαιτήσεις επιπέδου 3 (AAL3) που σημαίνει ότι ο κώδικας βρίσκεται μέσα σε ένα δοχείο προστασίας από παραβιάσεις, έτσι ώστε τα κλειδιά που χρησιμοποιούνται στην κρυπτογραφία να καταστρέφονται εάν η συσκευή παραβιαστεί φυσικά.