Τα προγράμματα πιστοποίησης του FIDO είναι ένα κρίσιμο στοιχείο για τη διασφάλιση ενός διαλειτουργικού οικοσυστήματος προϊόντων και υπηρεσιών που οι οργανισμοί μπορούν να αξιοποιήσουν για να αναπτύξουν λύσεις ελέγχου ταυτότητας FIDO παγκοσμίως. Η FIDO Alliance διαχειρίζεται λειτουργικά προγράμματα πιστοποίησης για τις διάφορες προδιαγραφές της (π.χ. U2F και FIDO2) για την επικύρωση της συμμόρφωσης και της διαλειτουργικότητας του προϊόντος. Μια συσκευή με πιστοποίηση FIDO2, όπως το κλειδί ασφαλείας της σειράς YubiKey 5, έχει περάσει από ένα πλήρες πρόγραμμα πιστοποίησης FIDO και πληροί με επιτυχία όλες τις απαιτήσεις