Το HOTP λειτουργεί ακριβώς όπως το TOTP, εκτός από το ότι χρησιμοποιείται ένας μετρητής ελέγχου ταυτότητας αντί για μια χρονική σήμανση. Το πλεονέκτημα αυτού είναι ότι οι συσκευές HOTP δεν χρειάζονται ρολόι. Ωστόσο, το HOTP είναι πιθανό να χάσει τον συγχρονισμό του μετρητή. Δηλαδή, εάν ο χρήστης δημιουργήσει ένα OTP χωρίς έλεγχο ταυτότητας με αυτό, ο μετρητής συσκευής δεν θα ταιριάζει πλέον με τον μετρητή διακομιστή. Αυτό μπορεί να μετριαστεί στον διακομιστή δοκιμάζοντας αρκετές επόμενες τιμές μετρητή. Αυτό δεν μπορεί να συμβεί με το Yubico OTP αφού ο μετρητής του είναι κρυπτογραφημένος (σε αντίθεση με τον κατακερματισμό).